За первые 10 лет нового тысячелетия в театре сменилось два директора: Владимир Ильич Мордвинов возглавлял театр с 1997 года по 2009 год, а с 2009 по 2011 год — Сергей Анатольевич Медный.

Главным событием в жизни театра начала 21 века стала первая за 35 лет масштабная реконструкция его здания, проведенная по инициативе губернатора Алтайского края А.Б. Карлина с 8 ноября 2006 года по 8 октября 2007 года.

Капитальному ремонту подвергся фасад здания театра, визитные карточки театра - панно бокового фасада и грандиозная скульптура на крыше, отреставрированы зрительское фойе театра с витражами, появился просторный, светлый кассовый зал, преображен зрительный зал, усовершенствована акустика, выложен новый паркетный пол с подсветкой, сцена театра получила новый планшет, современный свет, звуковое оборудование и роскошный занавес.Интерьер зрительского фойе украсили изделия мастеров Колыванского камнерезного завода - ваза на первом этаже и мозаичное панно «Озеро Моховое» на втором. На фасаде появилась современная архитектурная подсветка.

Во время ремонта жизнь театра не остановилась – спектакли давали во Дворце культуры «Сибэнергомаш» и «Моторостроителей», на гастролях в Бийске и Рубцовске. 86-ый театральный сезон открыли в обновленном здании 14 ноября 2007 года.
 
Главным режиссером с 2002 года по 2008 год работает Владимир Золотарь, выпускник известного театрального педагога и режиссера Геннадия Рафаиловича Тростянецкого Санкт-Петербургской Академии театрального искусства. Владимир Золотарь вошел в историю театра с такими постановками, как: «Сторож» Г. Пинтера (2002); «Великодушный рогоносец» Ф. Кроммелинка (2003) — Гран-при III Межрегионального театрального фестиваля «Сибирский транзит»; «Ромео и Джульетта» У. Шекспира (2004), «Чайка» А.П. Чехова (2005), «Звездная сказка» О. Никифоровой (2005), «Собачье сердце» М. Булгакова (2006), «Пиковая дама» А.С. Пушкина (2006), «Войцек» Г. Бюхнера (2007), «На всякого мудреца довольно простоты» А.Н. Островского (2008). Художественный руководитель постановок: «Слишком женатый таксист» Р. Куни (2004), «Морозко» по мотивам русских народных сказок (2004), «Отелло» У. Шекспира (2006).

На театральной афише этого периода классическая драма и современная пьеса, комедия и сказка. Ежегодно театральный коллектив готовит пять-шесть новых постановок. Театр становится постоянным участников фестиваля «Сибирский транзит» со спектаклями: «Трехгрошовая опера» Б.Брехта (постановка Юрия Пахомова, 2001г.), «Сторож» Г.Пинтера (постановка Владимира Золотаря, 2002г.), «Великодушный рогоносец» Ф.Кроммелинка (режиссер Владимир Золотарь, 2003г.), «Ромео и Джульетта» У.Шекспира (режиссер Владимир Золотарь, 2004г.), «Якутия» А.Строганова (режиссер Александр Строганов, 2005г.), «Войцек» Г.Бюхнера (режиссер Владимир Золотарь, 2008г.). Последний принес театру Гран-при VII театрального фестиваля «Сибирский транзит» «За создание спектакля-ансамбля» и первую «Золотую маску» за актерский дуэт.
 
В 2009 году «Войцек» был выдвинут на национальную театральную премию «Золотая маска» в пяти номинациях: спектакль большой формы, лучшая мужская (Александр Хряков) и женская роль (Наталья Макарова), работа режиссера (Владимир Золотарь), работа художника (Олег Головко). В итоге «Золотую маску» получил дуэт исполнителей главных ролей Наталья Макарова и Александр Хряков.

Почти 20 режиссеров приезжали на разовые постановки спектаклей за 10 лет нового века, среди них – Юрий Ядровский («Генералы песчаных карьеров», 2003 г., «Слишком женатый таксист», 2004 г.), Андрей Лапиков («Гамлет», 2002 г., «Женитьба», 2009 г.), Семен Александровский («Бидерман и поджигатели», 2009 г.) и другие.

Высокое звание «Народного артиста РФ» присвоено Георгию Тихоновичу Обухову (2000), «Заслуженными артистами РФ» становятся Михаил Степанович Переверзев (2006), Эдуард Викторович Тимошенко (2007). Звание «Заслуженного работника культуры РФ» было присвоено художнику-модельеру Юрию Прокопьевичу Конивцу (2007).

Список постановок по произведениям Шукшина пополняется двумя новыми: «Сила сердечная, боль заповедная...» (2009 г.), «До третьих петухов» (2010 г.). 
 
В 2010 году на пост главного режиссера приглашен Роман Феодори, также ученик Геннадия Тростянецкого. Роман Феодори ставит спектакли «Слуга и господин» Д.Дидро, «Сон в летнюю ночь» У.Шекспира, «Мамаша Кураж и ее дети» Б.Брехта. «Русская народная почта» О. Богаева, «Derevni .NET», «Золушка» Е.Шварца.